10.4.9にアップデートすると、Pro Toolsが起動しなくなるというトラブルがあります。

【参考リンク】digidesignテクニカル・サポートページ

上記サイトにそのトラブルが発生することと、対処方法が記載されています。
10.4.9のcomboアップデートをダウンロードして適用すれば大丈夫、かもしれないということです。

ダウンロードはこちらから。
Mac OS X 10.4.9 Combo Update (Intel)
Mac OS X 10.4.9 Combo Update (PPC)

で、これをやってしまうと別のトラブルが起きることがあって、Windowsネットワークに接続できなくなることがあります。WindowsからMacへは接続可能なんだけど、MacからWindowsに接続できなくなるというトラブルです。

10.4.9アップデートの後に、Security Update 2007-004 v1.1でアップデート。その後に、10.4.9comboでアップデートすると、そのトラブルが発生するらしいです。
解決策としてはSecurity Update 2007-004 v1.1をもう一度行うこと。

ダウンロードはこちらから。
Security Update 2007-004 v1.1 (Universal)
Security Update 2007-004 v1.1 (PPC)