Illustratorでペーストする際のペースト先って２つの選択肢があるんです。
「同じレイヤーにペーストする」と「コピー元のレイヤーにペースト」する。
言葉を見れば大体見当のつく違いですが、試してみたのでご報告。


レイヤーパレットメニューで選択できます。

ここで設定変えられます。

「同じレイヤーにペーストする」は今まで通りの方法です。選択しているレイヤーがペースト先になります。
「コピー元のレイヤーにペースト」するだと、コピーしたオブジェクトのあるレイヤーにペーストするようになります。