IllustratorとInDesignでは四角形を作成したとき、その出来が微妙に違うんです。
ホントにびみょ～に。
どう違うかというと、Illustratorではドラッグした範囲と同じ大きさの「パス」ができます。
InDesignではドラッグして四角形を作成すると、「線幅を含んだ」大きさの四角形ができます。…って、言葉で書いても分かりにくいのでキャプチャとあわせて説明していきます。

まずはIllustratorから。
ガイドラインにそってドラッグ四角形を作成してみます。

ドラッグして作成したとおり、ガイドラインに沿って、「パス」ができているのが分かります。ただ、線幅指定をしているとドラッグした範囲より大きい四角形ができます。


つぎにInDesign。
InDesignでガイドをひいて、そのガイドに合わせるようにドラッグで四角形を描きます。

すると、こんな感じになります（分かりやすいように線幅を太くして四角形作成）。
InDesignでは、ドラッグした範囲と同じ大きさの四角形が作成されます。線幅を含む大きさであることに着目です。
上のキャプチャを見ると、四角形オブジェクトの実際のパスは緑線の中央にある灰色の線。線幅が5mmに設定されているので、上下左右2.5mmずつ内側にある灰色の線ということになります。つまり、ドラッグして描いた大きさと、オブジェクトの「パス」の大きさが違っているんです。だから、ガイドラインにきっちり沿って四角形を作成したつもりでも、線幅を変更するとガイドラインとずれるわけです。

試しに線幅を1mmにすると、

こうなります。オブジェクトのパスがガイドライン上にないためずれてます。

Illustratorに慣れてるせいか、InDesignの挙動は予想外って感じますが、どっちが正解という問題じゃないんでしょうね。ただ、どちらが好きかときかれたらIllustratorです。特にCS2からはパスの内側や外側に線を移動できる「線の位置」という項目が追加されてます。四角形を描いて、線の位置を「線を内側に揃える」にしておけば、線幅を変更してもパスから線がはみ出さない四角形ができます。

線の位置はInDesignにもあります。上のキャプチャの設定を「線を内側に揃える」に変えてみると

四角形のパスが内側にあったことが、よりはっきり分かります。いっそ、この状態をデフォルトにしてくれてたらよかったのにな。そしたら、ドラッグした範囲と同じ大きさのパスができるわけだし、線幅を変えてもガイドラインからはみ出さないし。

たぶん、おそらくなんですが、InDesignがこうなのはページレイアウトソフトだからかな、と思います。InDesignのバウンディングボックス（InDesignでもそう呼ぶのかわかりません）が線幅を含んだ四角形全体を覆っているのに対し、Illustratorでは線幅に関係なくパス上に出現します。四角形の大きさを変更するときには、InDesignだとガイドラインにキッチリ揃うわけで、そういう仕様っていうのがページレイアウトソフトとしては便利だな、とか思うわけです。