米アドビのテクニカルサポート情報にこんなんありました。
【参考リンク】Temporary files appear when you save AI or PDF files (Illustrator CS, CS2 on Mac OS X v10.4)
はう…。英語です。

解釈違ってるかもしれないけど、原因らしきものが記載されてます。
（っていうかCS2もなの？？？？）

原因はやっぱりスポットライトっぽいです。
Illustratorはai形式の保存時に、PDF互換ファイルを作るためのチェック項目があります。そこにチェックを入れるとAcrobatでも開けるようになるんです。
どうやら、そこにチェックが入ってるのがいけないみたい。スポットライトがPDFに反応するようできてるからです。
こっからは経験上の推測でしかないんですが、Illustratorがテンポラリーファイルを作成。そのテンポラリーファイルをスポットライトがキャッチ。すると本来なら消されるはずのファイルなのに、Illustratorが使用中のファイルと判別してしまい消去しないまま放置。管理を放棄して、新しいテンポラリーファイルを作成。以後、ループ……。
そして、その残骸がtmpファイルとして出現するのかな、と。

そこで、解決策としては
●10.4.2以上にバージョンアップ
●保存の際にはPDF互換のチェック項目を外して保存する。
●スポットライト検索をされないようにする。
ということのようです（たぶん

でも、PDFの互換はいつも外して保存してるんだけど、tmpファイルはできちゃってるんですよね～。

ただ、上記の解決策が正解なら思い当たることがちょっとあります。
プラグインフォルダの中に『Adobe Illustrator Startup_CMYK.ai』と『Adobe Illustrator Startup_RGB.ai』ってファイルがあるんです。Illustratorでは、新規書類を作る場合に、このファイルが元になります。スウォッチとかブラシとかのプリセットはこのファイルの状態が基本となります。このファイルをカスタマイズしておけば、その環境で作成に取りかかれるわけです。

思い付いたのは、このファイルをPDF互換のチェックを外して保存しておいたらどうだろな？ってこと。

『Adobe Illustrator Startup_CMYK.ai』のファイルを別名で保存ってやると、PDF互換のチェックが入ってます。ってことは、新規に作成されたファイルはPDF互換ファイルであり、当然、テンポラリーファイルもPDFなのでスポットライトがキャッチしてしまいます。タイミング良く（悪く？）スポットライトに見つかると、tmpファイルが生成されちゃう……と推測するわけです。

ということで、検証してみました。
『Adobe Illustrator Startup_CMYK.ai』をPDF互換のチェックを外してしばらく試しましたが、やっぱりtmpファイルできちゃいました。